RNA m6A Modifikasyon Bölgelerinin Sınıflandırılması için Öznitelik Çıkarma ve Boyut Azaltma Yöntemlerinin Karşılaştırılması

Abstract

Bu çalışmada RNA’da sıklıkla meydana gelen N6-metiladenozin (m6A) modifikasyon bölgelerinin belirlenmesi ve gelecekte yapılacak çalışmalar için farklı öznitelik çıkarıcılar, öznitelik seçiciler ve boyut düşürme algoritmalarının, K-en yakın komşu sınıflandırma algoritması kullanılarak performanslarının karşılaştırılması amaçlanmıştır. 35 farklı öznitelik çıkarma algoritması ve 9 farklı boyut azaltma ve öznitelik seçici algoritma kullanılarak algoritmaların m6A modifikasyon bölgelerinin tanımlamasındaki performansları değerlendirilmiştir. Yapılan çalışmanın sonunda Nükleotidlerin kimyasal özelliklerini dikkate alarak öznitelik çıkarımı yapan NCP öznitelik çıkarma algoritması ile Ekstra Ağaçlar boyut azaltma yönteminin birlikte kullanılmasının m6A modifikasyon bölgelerinin belirlenmesinde yüksek performans gösterdiği görülmüştür.