Yazar "Gök, Murat" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 3 / 3
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Automatic colony segmentation on agar surface by image processing
    (Scientific Publishers, 2018) Altuntaş, Volkan; Altuntas, Seda; Gök, Murat
    The Medium (Petri dish, media, agar plate, petri culture, agar culture) are environments that have been formulated for the growth of microorganisms. These structures which are formed by reproduced microorganisms and can be seen by eye are called colony. Colonies formed on the agar, creating images of different morphological characteristics depending on the microorganism and growth media. Colony counting which is required in many applications in areas such as biotechnology and pathology is boring, time consuming and prone to human error process when the large number of colonies counted by hand. In this article, the sample images collected from dairies in the Marmara region are studied on and segmentation methods for separating images of microorganism colonies which is used in the dairy industry for the determination of microbiological analysis of products, have been investigated by the computer-aided image processing techniques such as Otsu, Multi-Otsu, Color K-Means, Watershed, Gabor Filters, Graph Based, Lossy Compression, Random Walker, Texture Filters with proposed comparison method. It was concluded that existing segmentation methods with appropriate parameters can be used to solve this problem and in comparison to other algorithms, Watersheed segmentation algorithm has better performance values than others. © 2018 Scientific Publishers. All rights reserved.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Örüntü tanıma teknikleri ile agar yüzeyi üzerinde koloni morfoloji sınıflandırması
    (2018) Altuntaş, Volkan; Altuntaş, Seda; Gök, Murat
    Mikroorganizmalar çıplak gözle göremeyeceğimiz kadar küçük canlılardır. Ekolojik dengede rol oynayan mikroorganizmalar temel olarak bakteriler, mantarlar, algler, virüsler ve protozoalardan oluşur. Besiyeri ve petri kabı, mikroorganizmaların ortamdan yalıtılması, geliştirilmesi, tanımlanması, sayımı gibi işlemlerin yerine getirilmesi için agar ve diğer besin maddeleri karıştırılarak, mikroorganizmalara büyüme ortamı sağlamak amacı ile kullanılırlar. Mikroorganizmalar çoğalarak sayısı milyonlara hatta daha fazlasına ulaşabilir böylece çıplak gözle görülebilen, koloni olarak adlandırılan yapıları oluştururlar. Terminolojide bu yapı, koloni oluşturan birim (kob, cfu) olarak ifade edilir. Peynir, ekmek, meyve veya yoğurtların üzerindeki küfler, çikolata, marmelat gibi şeker içeren gıdalar üzerindeki mayalar, mikroorganizmaların çoğalarak oluşturduğu kolonilerdir. Besiyeri üzerinde oluşan koloniler, mikroorganizma ve üreme ortamına bağlı olarak farklı morfolojik özelliklerde görüntüler oluşturmaktadır. Bu çalışmada koloni görüntülerinden görüntü işleme ve örüntü tanıma teknikleri ile mikroorganizmaların sınıflandırılması yapılmaktadır.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Protein – Protein Etkileşimi Tespit Yöntemleri, Veri Tabanları ve Veri Güvenilirliği
    (2020) Altuntaş, Volkan; Gök, Murat
    Önemli biyolojik aktiviteler tek bir molekülün sonucu değil, birbirleriyle etkileşime giren çoklu moleküllerin etkilerinin ürünü olarak ortaya çıkmaktadır. Protein-protein etkileşimlerinin belirlenmesi, ilgili proteinlere ait fonksiyonların tespit edilmesi için önemli bilgi sağlamaktadır. Genlerin ve proteinlerin büyük bir çoğunluğu işlevlerini birbirleriyle etkileşimleri sonucunda oluşturmaktadırlar. Protein-protein etkileşimlerini incelemek için çok sayıda yöntem geliştirilmiştir. Etkileşimlerin tespitinde in vitro, in vivo ve in siliko olarak adlandırılan 3 temel yaklaşım bulunmaktadır. In vitro ve in vivo yöntemlerin maliyet, zaman gibi sınırlamaları bulunur. İn siliko yöntemler deneysel yönlendirme ile maliyet ve zaman kazancı için geliştirilmiştir. Yöntemler sonucunda oluşan veri setleri gürültülüdür, çok sayıda yanlış pozitif ve yanlış negatif değerler içermektedirler. Protein etkileşim tespit yöntemlerindeki gelişmeler hastalıkların tespit edilmesi, model organizmalara ait yolakların ve protein komplekslerinin belirlenmesi gibi birçok alana doğrudan etki etmektedir. Yapılan çalışmalar sonucunda tespit edilen etkileşimler veri tabanlarında saklanmakta ve ücretsiz olarak erişilebilmektedir. Metotların hızlanması ile tespit edilen etkileşim sayısındaki artış, elde edilen bu verilerin analiz edilmesini, bir veya birden fazla metot ile sağlanmasını ve doğruluğunun belirlenmesini önemli hale getirmektedir. Bu çalışmada protein-protein etkileşim tespitinde kullanılan in vitro, in vivo ve in siliko yöntemler ve protein-protein etkileşim veri tabanları incelenmektedir. Tespit yöntemlerinin artıları ve eksileri araştırılmış ve yöntemlerin avantaj ve dezavantajları paylaşılmıştır. Veri tabanlarının içerdiği bilgiler karşılaştırılmış, benzerlik oranları ve sebepleri araştırılmıştır.